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5月17日に、一大学生さんは書きました。

＞はじめまして。一大学生と申します。超基本的な質問で恥ずかしいので
＞大学名は勘弁して下さい。不勉強な身で人にすがる失礼をお許し下さい。

UNIX,WEB,CGIについて知らないとかいうのは、別に恥ずかしくないですよ。
それらに初めて関わるのであれば、みんな最初はそうですから。
ただ、聞きたいことが第３者にも理解できるように書いて下さいね。
そういうことは、大学生であれば難しくないと思うんですけど。

＞伺いたいことはファイルの属性についてです。私の大学では属性を666に
＞するよう指示されているのですがセキュリティ的に不安です。もし666
＞のままにしておくとどのような不利益を被る可能性があるのか教えて頂
＞ければ幸いです。

先ず、何のファイルのことでしょうか。
まぁ、にあさんのアクセスカウンタ(npc.cgi)の設定ファイル(npc.idx)のことかな
とか想像はできますが。

「大学側で用意したnpc.cgiを使うときは設定ファイルだけは自分で用意しなさい」
ということなんでしょうか。

とすると、npc.cgi(だけに限らずその他のCGI)がどういう権限で実行されるかにも
寄りますが、たぶん'wwwuser'とかの自分から見ると他人の権限で実行されるために
誰でも(他人の権限で動いているCGIからも)読み書きできるように
「設定ファイル(npc.idx)のパーミッションは'666'にしなさい」
と決められているのではないでしょうか。

＞できれば700で使いたいのですがそのようなことは可能でしょうか？

上記の仮定が、正しいとすると
700では、ダメです。