バイオインフォマティクス(前半)

 

平成29年度後期(前半)

担当教員: 芦田 嘉之

理学部 3年次生 火曜日1時限、2時限

E210」および「情報メディア教育研究センター2階」

 

主要教科書

 芦田嘉之著「やさしいバイオテクノロジー カラー版」

 (サイエンスアイ新書)2011年、2015年、2016

 

 芦田嘉之著「カラー図解でわかる高校生物超入門」

 (サイエンスアイ新書)2015

講義内容は上記2著に書いてあります。両著とも電子書籍版あり。

 

 

評 価

中間試験と期末試験はありません。

前半と後半の2回の演習レポートと各講義課題の内容で総合的に評価します。

 

 

講義概要

「バイオインフォマティクス」は「生命情報学」、「生物情報学」、「情報生物学」とも訳されているとおり、生物に関連する情報を包括的に扱う学問です。

ここでいう「情報」は狭い意味では遺伝情報(DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列)からひろく細胞、組織、器官、生物個体レベルでみられるさまざまな生命現象も含まれており、バイオインフォマティクスは地球上に存在する生命の現象を統合的に理解しようという学問ともいえます。

バイオインフォマティクスによって得られる知識は、生物学の基礎研究ばかりでなく、人間の医学や健康管理にも活用されています。

 

 

講義内容

進行具合によって変更することがあります。

第2回から第6回の講義内容は、それぞれのリンク先に文章化してあります(随時更新)。

 

場 所

1回から第6回:「E210

7回と第8回: 「情報メディア教育研究センター2階」

 

1 1003日 ガイダンス(大前先生)

 

第2 1010日 基礎分子生物学1 セントラルドグマ

分子生物学の基礎を学びます。

 

第3 1017日 基礎分子生物学2 分子細胞生物学

細胞レベルで遺伝子やゲノムを学びます。

 

第4 1024日 基礎分子生物学3 具体的な遺伝子

具体的な遺伝子の構造を学びます。

 

 1031日は木曜日の講義

 

第5 1107日 分子進化学の基礎 突然変異

オーソログとパラログ 一塩基多型とコピー数多型 染色体異常

遺伝子やゲノムの多様性を学びます。

 

第6 1114日 生命情報学の基礎 相同性配列検索 多重配列比較 系統樹解析

各種データベース

BLASTFASTA 相同性配列検索

ClastalW 多重配列比較:マルチプルアライメント 分子系統樹

具体的な遺伝情報の検索や解析原理や方法について解説します。

 

第7 1121日 演習1 データベースの概要 データ取得

第8 1128日 演習2 多重配列比較 系統樹解析  相同性配列検索

 

 

 

ファイル一覧PDFファイル・順次作成)

この「ファイル一覧」は先の「講義内容」の各リンク先にリンクされているすべてのPDFファイルの一覧です。

これらのPDFファイルは講義中にパソコン等で表示させて参照してもよいが、そうでない場合、第4回以降の「資料」や「演習マニュアル」のPDFファイルの内容は必ず講義前に印刷しておくこと。

「講義ファイル」は印刷できません。

 

すべての課題(各講義で配布)

・第2回講義ファイル

2回資料(講義で配布)

・第3回講義ファイル

・第4回講義ファイル

4回資料(各自で講義前に印刷)

・第5回講義ファイル

5回資料(各自で講義前に印刷)

・第6回講義ファイル

6回資料(各自で講義前に印刷)

・第7回第8回 演習マニュアル(前半)(各自で第6回講義前に印刷)

 

 

外部リンク

・三大データベース(日米欧)

DDBJ: DNA Data Bank of Japan

NCBI: National Center for Biotechnology Information

EMBL-EBI: The European Bioinformatics Institute

http://www.insdc.org/

 演習では2番目のNCBIのデータベースを利用します。

 

 

・有用なデータベース(日本語)

○ゲノムネット http://www.genome.jp/ja/

 生命システム情報統合データベースKEGG 京都大学化学研究所

 代謝地図、医療関連が充実

 

H-Inv DB   http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index.jsp

 ヒト遺伝子アノテーション統合データベース

 遺伝子構造、タンパク質機能、代謝経路など 注釈付け情報が満載

 

HomoloGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/

 オーソログ検索

 

○ライフサイエンス辞書プロジェクト http://lsd-project.jp/ja/

 学名などの検索はWebLSDが便利

 

 

説明: 説明: 説明: 説明: hr-green

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