バイオインフォマティクス(前半)

 

平成30年度3ターム(前半)

担当教員: 芦田 嘉之

理学部 3年次生

水曜日1時限、2時限、金曜日3時限、4時限

E208

 

主要教科書

 芦田嘉之著「やさしいバイオテクノロジー カラー版」

 (サイエンスアイ新書)2011年、2015年、2016

 

 芦田嘉之著「カラー図解でわかる高校生物超入門」

 (サイエンスアイ新書)2015

講義内容は上記2著に書いてあります。両著とも電子書籍版あり。

 

 

評 価

中間試験と期末試験はありません。

前半と後半の2回の演習レポートと各講義で出題する小試験の内容で総合的に評価します。

 

 

講義概要

「バイオインフォマティクス」は「生命情報学」、「生物情報学」、「情報生物学」とも訳されているとおり、生物に関連する情報を包括的に扱う学問です。

ここでいう「情報」は狭い意味では遺伝情報(DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列)からひろく細胞、組織、器官、生物個体レベルでみられるさまざまな生命現象も含まれており、バイオインフォマティクスは地球上に存在する生命の現象を統合的に理解しようという学問ともいえます。

バイオインフォマティクスによって得られる知識は、生物学の基礎研究ばかりでなく、人間の医学や健康管理にも活用されています。

 

 

講義内容

進行具合によって変更することがあります。

第2回から第6回の講義内容は、それぞれのリンク先に文章化してあります(随時更新)。

それぞれにPowerPointPDF化したファイルのリンクもありますが。そのPDFファイルは印刷できません。

 

1 1003日 ガイダンス(大前先生)

 

2 1005日 基礎分子生物学1 セントラルドグマ

分子生物学の基礎を学びます。

 

第3 1010日 基礎分子生物学2 分子細胞生物学

細胞レベルで遺伝子やゲノムを学びます。

 

第4 1012日 基礎分子生物学3 具体的な遺伝子

具体的な遺伝子の構造を学びます。

 

第5 1017日 分子進化学の基礎 突然変異

オーソログとパラログ 一塩基多型とコピー数多型 染色体異常

遺伝子やゲノムの多様性を学びます。

 

第6 1019日 生命情報学の基礎 相同性配列検索 多重配列比較 系統樹解析

BLASTFASTA 相同性配列検索

ClastalW 多重配列比較:マルチプルアライメント 分子系統樹

 

第7 1024日 演習1 データベースの概要 データ取得

第8 1026日 演習2 多重配列比較 系統樹解析  相同性配列検索

 

 

 

ファイル一覧(印刷可能なPDFファイル)

小試験(課題)(第2回〜第6回)

講義の最初に印刷した用紙を配付、当日提出。

 

演習マニュアル(前半)

印刷しておくとわかりやすいかも

 

 

外部リンク

・三大データベース(日米欧)

http://www.insdc.org/

 

DDBJ: DNA Data Bank of Japan

NCBI: National Center for Biotechnology Information

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

EMBL-EBI: The European Bioinformatics Institute

 演習では2番目のNCBIのデータベースを利用します。

 

 

・有用なデータベース(日本語)

○ゲノムネット https://www.genome.jp/ja/

 生命システム情報統合データベースKEGG 京都大学化学研究所

 代謝地図、医療関連が充実

 

H-Inv DB   http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index.jsp

 ヒト遺伝子アノテーション統合データベース

 遺伝子構造、タンパク質機能、代謝経路など 注釈付け情報が満載

 

HomoloGene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/

 オーソログ検索

 

○ライフサイエンス辞書プロジェクト https://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl

 学名などの検索はWebLSDが便利

 

 

説明: 説明: 説明: 説明: hr-green

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