バイオインフォマティクス 第6

 生命情報学の基礎 相同性配列検索 多重配列比較 系統樹解析

 

資 料

講義で使うPPファイル(pdfファイル)

データベースの登録例pdfファイル)印刷可

演習マニュアル(pdfファイル)印刷可

 

課 題

演習でも実感してもらいます。

次回からの演習レポートと一緒に提出すること。演習レポートの考察に組み込んでもよい。

1.一般にオーソログ遺伝子で相同性比較すると、相同性は塩基配列で比較するよりアミノ酸配列で比較するほうが高くなる傾向がある。なぜか。

2.あるオーソログ遺伝子の塩基配列を使って相同性検索するとき、翻訳領域と非翻訳領域に分けて解析してみると、一般に翻訳領域のほうが相同性が高くなる傾向がある。なぜか。

3.あるオーソログ遺伝子のマルチプルアライメント検索を実行すると、異種生物間でよく保存されている(配列が一致する)領域が見つかる。これは何を意味しているか、考察せよ。

 

 

講義項目

生命情報学の基礎

演習マニュアル

 

生命情報のデータベース

DNA RNA タンパク質 データベースの構造

・キーワード検索

 

相同性配列検索

BLAST FASTA

 

多重配列比較

ClastalW

 

分子系統樹

・有根系統樹 無根系統樹

・距離行列法 近隣結合法

 

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講義内容

配列データベースの構造を理解し、その取得方法を学びます。

取得した配列データから、データベースとの相同性検索、オーソログ遺伝子の多重配列比較・マルチプルアライメント、分子系統樹等について解説し、演習内容を確認します。

 

第2回から第5回の課題見直し

 この講義で解説しますので、見直すように。

 色つきペンか囲みで書き加えること。

 同じ課題用紙の裏面を使ってもよい。

 消しゴムで消さない。内容が良ければ加点。

 今日の講義の最後に回収します。

第6回(今回)の課題について

 演習レポート(前半)と一緒に提出すること。

 演習レポート(前半)の考察に組み込んでもよい。

 

成績について

 第2回から第6回の見直した課題を採点し直し、後半の課題、2つの演習レポートと一緒に成績をつけます。

 

演習(前半)について

○ データベースへのアクセス

○ データの取得

  キーワード検索

  データベースの構造の確認

○ 相同性検索

  オーソログ遺伝子の取得

  データベースの既知配列と比較

  BLASTの利用

○ マルチプルアライメント

  clustalw の利用

○ 分子系統樹

 

演習課題

 2種以上のオーソログ遺伝子を選択しそれぞれ次の情報を取得

  5種以上の生物の遺伝情報取得

   アミノ酸配列 塩基配列(mRNA, 翻訳領域)

 マルチプルアライメント

 系統樹作成

 考察

 

課題見直しの回収

第1回から第5回の課題(綴じてある)見直し

回収します。教壇の箱に提出すること。

 

次回は演習

第7回 11月22日と第8回 11月29日の演習は

情報メディア教育研究センター2階です。

学生証を忘れないように!

演習時に講義はありません。

各自演習マニュアル(前半)を参考に予習しておくこと。

ネットにつながる端末(パソコン、タブレットなど)があればすべての演習項目が実行可能。

後半の講義は12月6日(火)から始まります。

演習レポート(前半)提出日は12月13日。

 

 

演習レポートについて

 目的、方法、結果、考察

 演習マニュアルにも詳細な注意事項がある

 

方法

 2種類のオーソログ遺伝子の取得方法

 すべてのデータ(塩基配列、アミノ酸配列)のID一覧

 (第三者が再現できるように)

 

結果

 3種類のオーソログ遺伝子でまとめる

 (マルチプルアライメントと分子系統樹)

 分子系統樹を1ー2枚にまとめる(少なくとも12個ある)

 

考察

 3種類のオーソログ遺伝子の解析結果を統合的に考察

 考察しやすいような結果にまとめることも重要

 

 

説明: 説明: 説明: 説明: hr-green

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