バックアップ先にMTPデバイスを指定するには、以下のようにします。

Backupのパターン設定でバックアップ先を選び追加ボタンを押します。

バックアップ先のフォルダの指定ウインドウが表示されます。ここでMTP...ボタンを押します。

接続されているMTPデバイス名が表示されます。複数のMTPデバイスが接続されている時は、複数表示されます。

項目をダブルクリックしていき、バックアップ先にしたいフォルダーを選びます。下の図ではスマートフォン内のDocumentsフォルダーを選んでいます。

OKボタンを押すと、選んだフォルダーがバックアップ先として入力されます。
この時、バックアップ先はmtp://〜のような表記になります。

OKボタンを押すと、バックアップ先の指定完了です。