FFFTPはパソコンとサーバー(ホストコンピュータ)との間で、 ファイルをコピーするためのソフトウエアです。
パソコンの中でのファイルコピーは、ファイルをエクスプローラでドラッグ&ドロップすればできますが、 パソコンとサーバの間でファイルをコピーするときは、FTPソフトウエアが必要になる場合があります。 そのようなときにFFFTPを使用します。
FFFTPはファイルをコピーするだけのものです。ファイルの内容は一切関知しません。 たとえばウエブページのHTMLファイルをFFFTPでサーバにコピーすることはできますが、 HTMLファイルの内容がどのように表示されるかはFFFTPとは無関係な事柄です。 もしも文字化けが起こるようなら、それはHTMLファイルの書き方の問題です。